Юрий Борисович Мильнер родился 11 ноября 1961 года.
В 1985 году Мильнер окончил физический факультет МГУ по специальности "теоретическая физика". В 1990 году он уехал в Америку, где поступил в Уортонскую школу бизнеса (Wharton). Пресса цитировала его слова о том, что к этому шагу его побудило "разочарование в себе как в физике".
В 1992-1995 годах Мильнер работал во Всемирном банке, где являлся экспертом по российской банковской системе в отделе развития частного сектора.
Весной 1995 года Мильнер занял пост генерального директора компании "Альянс-Менатеп".
В феврале 1997 года Мильнер стал заместителем председателя правления и начальником инвестиционного управления банка "Менатеп". В то время участники рынка уже отзывались о нем как об "известном профессионале, который принесет с собой в банк ценный опыт работы в международных финансовых институтах и операций на российском инвестиционном рынке".
В 1998 году Мильнер вновь занял пост гендиректора ЗАО "Альянс - Менатеп". В том же году он стал генеральным директором инвестиционного фонда New Trinity Investments (по другим данным, этот пост он занял в 1997 году).
В этот период результате глубокого анализа рынка и тенденций его развития Мильнер пришел к идее создания интернет-компании, и в 2000 году он стал президентом ООО "Нетбридж Сервисиз" (netBridge) - компании, которая была, по словам самого Мильнера, "создана… как интернет-инкубатор и инвестиционный фонд" и менее чем за год работы стала одним из лидеров рынка (по другим данным, компанию он возглавил в 1999 году). Используя принцип переноса различных американских интернет-моделей на российскую почву, компания создала ряд проектов, таких как портал List.ru, интернет-аукцион Molotok.ru (созданный по аналогии с eBay), бесплатный web-хостинг Boom.ru (аналог Geocities) и интернет-магазин 24х7 (наподобие Amazon.com).
В феврале 2001 года компании netBridge и Port.ru, владевшая активами портала Mail.ru, сообщили о своем объединении. Мильнер стал генеральным директором новой компании Mail.ru (юридическое название – Port.ru – было сохранено).
В январе 2003 года Мильнер был назначен генеральным директором, председателем правления ООО "Управляющая компания 'Концерн Нефтяной'". Отмечалось, что на тот момент "Концерн 'Нефтяной'" являлся совладельцем компаний "ЛУКОЙЛ-Нефтехим", "Шестой телеканал", "Атомэнергосбыт" и Mail.ru. По данным на октябрь 2003 года, Мильнер являлся и членом директоров "Атомэнергосбыта". При этом еженедельник SmartMoney позднее, в 2007 году, рассказывая об истории активов Мильнера, писал, что и сам концерн "Нефтяной" возник "…почти незаметно среди акционеров Mail.ru". Между тем в прессе в мае 2003 года Мильнер фигурирует как президент национальной почтовой службы Mail.ru.
Долгое время структура собственности Mail.ru не разглашалась. В январе 2007 года газета "Ведомости" в качестве владельцев портала упомянула фонды прямых инвестиций Tiger Global Management и Digital Sky Technologies (DST): о последнем сообщалось, что он контролируется Мильнером и исполнительным директором NCH Advisors Григорием Фингером, причем Мильнер назывался управляющим партнером (в ноябре 2007 года "Коммерсант" называл Мильнера владельцем DST). Только в январе 2007 года стало известно, что до этого DST и Tiger были единственными владельцами Mail.ru (второй компании принадлежал блокпакет акций портала). 30 процентов акций Mail.ru (по более поздним данным - свыше 30 процентов]) было продано южноафриканскому медиахолдингу Napsters за 165 миллионов долларов. Между тем в феврале 2008 года издание SmartMoney писало о том, что Мильнеру принадлежит крупный пакет акций Mail.ru, отмечая при этом, что сам бизнесмен "эти слухи не комментирует". В июле 2008 года стало известно, что управляемый Мильнером и Фингером фонд DST консолидировал контрольный пакет портала Mail.ru, нарастив свою долю до 50,55 за счет приобретения у фонда Tiger Global Management около 15 процентов акций. По оценкам экспертов, сумма сделки могла составить до 200 миллионов долларов.
Писали СМИ и о других активах Мильнера и компании DST, президентом которой он являлся на тот момент. Отмечалось, что кроме портала Mail.ru DST также принадлежат доли в социальных сетях "Одноклассники" и "ВКонтакте", а также ресурсах HeadHunter.ru и free-lance.ru. Самого же Мильнера SmartMoney зимой 2008 года называл возможным соинвестором портала "Одноклассники.ру" (наряду с создателем "Одноклассников" Альбертом Попковым). В сентябре 2008 года "Ведомости" написали о том, что контроль над "Одноклассниками" перешел к DST (издание сообщало, что у DST и эстонской Ou Tobias - "дочки" контент-провайдера Forticom - в сумме 58 процентов акций британской компании Odnoklassniki Ltd., владеющей одноименной сетью).
В прессе публиковалась и информация о владельцах акций DST. В ноябре 2007 года около 5 процентов компании приобрела "Ренессанс Групп" (детали сделки не раскрывались). В июле 2008 года стало известно, что переговоры о покупке доли DST ведет генеральный директор "Газпроминвестхолдинга", совладелец холдинга "Металлоинвест" и владелец издательского дома "Коммерсант" Алишер Усманов]. Осенью того же года Усманов уже фигурировал в прессе как владелец "существенного пакета DST" (по сведениям "Коммерсанта" - около 30 процентов).
СМИ называли DST владелицей акций украинской поисковой системы meta.ua (51 процент) и латышской компании Forticom (15 процентов) - крупнейшего контент-провайдера в Прибалтике, которому также принадлежит около 30 процентов социальной сети "Одноклассники.Ру". Сообщалось, что DST также владеет ресурсами money.mail.ru (платежной системой, обслуживающей Mail.ru и известной также под брэндом "Деньги@mail.ru") и 70 процентами польской социальной сети Nasza-klasa.pl. Кроме того, Мильнера называли бизнесменом, контролирующим холдинг Astrum Online Entertainment, объединивший четыре "игровые" компании: IT Territory, Nival Online, TimeZero и Nikita Online. Писали также об инвестициях DST в поисковую систему Nigma и приобретении доли в системе приема платежей Qiwi (ЗАО "Объединенная система моментальных платежей"). Сведения газеты "Коммерсант" о том, что DST владеет 100 процентами акций компании futurico.ru (создавшей, в частности, проекты habrahabr.ru, leprosorium.ru) были впоследствии опровергнуты.
Осенью 2008 года СМИ писали о предстоящем приобретении компанией DST 100 процентов популярного чешского поисковика Seznam. О сделке писали как о самой крупной покупке DST за всю историю существования компании (по данным на октябрь 2008 года, ее сумма оценивалась в 850 миллионов долларов).
В декабре того же года стало известно, что DST и Naspers завершили сделку по выкупу у компании Tiger доли в интернет-компании Mail.ru. Сумма сделки, как и объем приобретенного пакета, не раскрывались, однако приводились данные источника газеты "Ведомости", согласно которым в результате сделки DST приобрел около 17 процентов интернет-компании, после чего компания Мильнера стала владельцем контрольного пакета - 53,164 процента Mail.ru. 1 декабря 2009 года DST объявила об объединении Mail.ru и производителя онлайн игр Astrum Online Entertainment под единым брэндом Mail.ru. Впоследствии DST выкупила и акции Mail.ru, находившиеся в собственности у Naspers: в июле 2010 года было объявлено, что помимо этих акций DST получила также 388 миллионов долларов, за это Myriad International Holding B.V. (дочерней компании Naspers) были отданы 28,7 процента акций самой DST.
В мае 2009 года стало известно, что компания DST вложила 200 миллионов долларов в крупную западную социальную сеть Facebook, оцененную в 10 миллиардов долларов. В обмен контролируемый Мильнером, Фингером и Усмановым фонд получил 1,96 процента Facebook привилегированными акциями. Дополнительно DST сообщила о намерении сделать предложение о выкупе обыкновенных акций Facebook на сумму не менее 100 миллионов долларов. В декабре 2009 года стало известно, что DST действительно приобрела еще 1,5 процента обыкновенных акций сети и тем самым довела свою долю в крупнейшей социальной сети Facebook до 5 процентов. Тогда же DST вложила 180 миллионов долларов в крупнейшего разработчика игр, предоставлявшего игры в том числе и для Facebook, компанию Zunga. Впоследствии, в мае 2010 года, DST докупила еще 5 процентов акций Facebook, в результате чего общее количество акций сети во владении компании Мильнера составило 10 процентов.
В апреле 2010 года крупная китайская интернет-компания Tencent объявила о намерении приобрести 10,26 процентов акций DST. Сумма сделки оценивалась в 300 миллионов долларов, которые, по мнению некоторых экспертов, могли быть пущены на покупку DST мессенджера ICQ. В том же месяце стало известно, что компания AOL, владевшая ICQ, согласилась уступить его DST за 187,5 миллионов долларов. Покупка ICQ компанией Мильнера была завершена к середине июля 2010 года.
Тем же летом DST объявила о том, что приобрела полный контроль над "Одноклассниками.ру" и консолидировала 99,9 процентов акций Mail.ru. В обмен на акции Mail.ru DST отдала 28,7 процента своих собственных акций Naspers. В рамках сделки DST раскрыла свои активы, среди них также оказались платежная система Express Gold, рекламная компания "Директ контакт", оператор электронных лотерей "Лото мастер", процессинговая система для лотерей "Лото интегратор", производитель регистраторов для платежных терминалов "Пэй киоск", а также известный в русском интернете блоговый сервис "Нонэйм.ру".
В сентябре 2010 года было объявлено о смене названия DST. Это было связано с решением владельцев компании разделить инвестиционный бизнес DST и операционный. Так, все российские операционные активы компании были объединены в Mail.ru Group, а международные активы перешли под контроль DST Global.
Мильнер вошел в комиссию по модернизации, основанную президентом России Дмитрием Медведевым в 2009 году.
Участники рынка называли Мильнера одним из старейших, "одним из самых активных и успешных инвесторов в интернете", имевшего репутацию бизнесмена, который действительно помогал "строить" компании. По мнению аналитиков, проекты, собранные в DST, "закрывают" значительный сегмент рынка. Однако эксперты осторожно подходили к оценке стоимости активов Мильнера, поскольку обо всем, что принадлежит ему и его фонду, точной инфоинформации нет. Сам бизнесмен, по данным "Коммерсанта", категорически отказывался "обсуждать инвестиции в свои проекты".
Мильнер - автор книги "Первый публичный тендер в России. Уроки 'Красного Октября'", посвященной проведению открытого тендера на покупку акций АО "Красный Октябрь" (автором идеи его проведения назывался сам Мильнер как гендиректор "Альянс-Менатеп").